ИФА: фотометры (анализаторы)

ИФА: фотометры (анализаторы)

Модель 680 Ридер

включает 4 фильтра: 415, 450, 490, 655 нм, встроенный инкубатор

Микробиологические анализаторы Sy-Lab

Автоматический анализатор для быстрого обнаружения и количественного определения микроорганизмов.
Принцип действия: измерение импеданса среды (М-параметр) и электродного импеданса (Е-параметр), которые при учете отдельно или в комбинации позволяют регистрировать рост микроорганизмов и микробные метаболиты даже в селективных питательных средах с высоким содержанием солей.

• Автоматическая регистрация роста широкого спектра микроорганизмов и обработка результатов, качественный и количественный анализ.
• Быстрое определение дрожжей и плесени методом непрямого импеданса.
• Производительность анализа - 64 образца одновременно; возможно увеличение до 768 образцов за счет 12 дополнительных модулей, управляемых с одного ПК.
• Возможность установки одновременно двух независимых температур (2 температурные зоны по 32 измерительной ячейки).
• Документация результатов исследования в соответствии с GLP.
• Возможно использование одноразовых ячеек (стерильных, заполненных питательной средой, полностью готовых к работе) или многоразовых автоклавируемых стеклянных ячеек.
• Возможности ПО: возможность одновременно проводить измерения и анализировать полученные ранее результаты; обрабатывать данные при помощи большого количества моделей и методик; задавать параметры и калибровочные зависимости для каждого образца и пр.

Определяемы микроорганизмы:
- Аэробные мезофильные микроорганизмы
- Психрофильные микроорганизмы
- Термофильные микроорганизмы
- Грамотрицательные бактерии
- Энтеробактерии
- Энтерококки
- Pseudomonas sp.
- Лактобациллы
- Колиформы
- Е.coli
- Аэробные спорообразующие бактерии
- Сальмонеллы
- Листерии
- Bacillus cereus
- Staphylococcus aureus
- Бактерии, вызывающие порчу пива
- Клостридии
- Дрожжи и плесени

Микроскопы стерео Olympus

Серия SZX2 – универсальные исследовательские микроскопы Olympus
• Оптическая система по схеме Галлилея.
• Свободные от дисторсии апохроматические объективы с большой числовой апертурой.
• Возможность установки блока флюоресценции.
• Большой выбор систем освещения, штативов и аксессуаров.
• Методы контраста: светлое поле, темное поле, поляризованный свет, «косой» свет, флюоресценция.
• Аксессуары: сиcтeмы фoтo или видeoдoкумeнтиpoвaнния, нacaдкa для pиcoвaния, пpeпapaтoвoдитeль, унивepcaльный штатив для бoльшиx oбъeктoв, cиcтeмa для иccлeдoвaния в пoляpизoвaннoм cвeтe, флуоресцентный осветитель с фильтровым слайдером, штативы для проходящего/отраженного 30Вт-галогенового/LED осветителей

SteReo Discovery V/12 Опт. сист. по схеме Аббе, зум 1: 12, 5, общ. увел. 312х
Микроскоп исследовательский • Оптическая система по схеме Аббе; • Методы исследования: СП, ТП, поляризация; • Проходящий, падающий свет, косое освещение; • Осветители холодного света KL 1500/2500 LCD, волоконные гибкие, волоконные типа " гусиная шея" (1-2-3плечие), круговые (светлого и темного поля); • Плавная смена увеличения 1: 12, 5; • Объективы увеличение/cвободное рабочее расстояние: Achromat S 0, 33/253; Achromat S 0, 53/151; PlanApo S 0, 633/81; Plan S 13/81; PlanApo S 1, 53/30; • Максимальное увеличение 312х; • Поле на предмете (для окуляров103/23): 46–1, 5 мм; • Окуляры: 10х/23, 16х/16, 25х/10; • Фотовидеовыход; • Управление микроскопом моторизованное (увеличение, рабочее расстояние, фокус): со встроенных дисплеев, с помощью программного обеспечения компьютера, с помощью контрольного устройства SyCoP (демонстрация на экране текущих данных: дата / время, увеличение микроскопа, поле на предмете, разрешение, глубина, увеличение объектива, увеличение окуляра, z-позиция, контроль света (освещенность в плоскости предмета), функции управления, память, пользователь, установка). Конец формы

ПЦР

Участки ДНК, отмеченные связавшившимися с ними праймерами, копируются миллионы раз. В начале у нас был раствор с небольшим количеством длинных, полноценных клеточных молекул ДНК. В конце ПЦР мы имеем раствор с огромным количеством размноженных нужных участков, кусочков ДНК, «генов» (это не совсем гены, но близко к тому).
4. Раствор наносят на гель, к гелю прикладывают напряжение. За часок-другой кусочки молекул ДНК (они имеют заряд) перемещаются в геле на расстояние, пропорциональное их массе. Гель кладут под ультрафиолет и масса одинаковых кусочков ДНК, «генов», начинает светиться в том месте геля, где собралась. Если собралась — значит в ДНК был участок, соответствующий праймеру, нужный «ген». Если ничего не светится, мутная полоска без четкого участка — значит, «гена», нужного участка в ДНК нет.

Рис.2. Экспоненциальная амплификация ДНК в ПЦР
(Andy Vierstraete, 2001)

Основная проблема при проведении ПЦР-анализа — это “контаминация” (занесение постороннего нуклеинового материала в анализируемые пробы). ПЦР — необычайно чувствительный метод, поэтому даже одна посторонняя молекула, которая имеет участок, комплиментарный праймерам набора для амплификации, может привести к ложноположительному результату.

ПЦР в реальном времени

На сегодня существует метод, лишенный вышеперечисленных недостатков - это метод ПЦР в реальном времени ( Real-Time PCR ) [4]. Сущность метода заключается в исследовании накопления продуктов амплификации с помощью специального прибора без последующего электрофореза. Так как кинетика накопления продуктов амплификации связана с исходным количеством матрицы, это дает возможность точно оценить её количество [3].

Отличительными чертами данного метода, в отличие от классической ПЦР, является возможность количественного определения ДНК/РНК инфекционных агентов в исследуемом материале, отсутствие стадии электрофореза, менее строгие требования к организации ПЦР-лаборатории и автоматическая регистрация и интерпретация полученных результатов.

Отсутствие стадии электрофореза позволяет минимизировать риск контаминации продуктами ПЦР и таким образом резко уменьшить число ложноположительных результатов. Поскольку регистрация результатов проводится непосредственно в процессе ПЦР, весь анализ можно проводить в одной-двух комнатах лаборатории и нет необходимости в отдельном помещении для детекции продуктов реакции.

Данная методика в течение последних пяти лет успешно применяется в крупнейших диагностических и научно-исследовательских центрах развитых стран мира и в ближайшее время станет так же широко распространена, как и ПЦР в ее сегодняшнем формате, благодаря экономии производственных площадей, уменьшению количества персонала и востребованности количественного определения ДНК/РНК.

Использование математических методов анализа позволяет проводить автоматическую интерпретацию полученных результатов и снимает проблему субъективной оценки электрофореграмм.

Кривые плавления

Для этого после окончания ПЦР реакционную смесь нагревают и непрерывно измеряют флуоресценцию. По достижении температуры плавления продукта амплификации флуоресценция резко снижается.

Каждое резкое уменьшение флуоресценции на графике соответствует числу полосок, получаемых на электрофорезе, то есть числу разных типов ампликонов. Для облегчения работы с полученной информацией проводят дифференциальный анализ кривой плавления. Такой способ визуализации полученных данных гораздо удобнее для понимания и анализа.

Применение кривых плавления не ограничивается только детекцией продуктов амплификации с помощью бромистого этидия и SYBR Green I. При использовании кривых плавления в системах с ДНК-зондами (Taq-man assay, beacons) возможно различать точечные мутации, расположенные внутри областей связывания ДНК-матрицы и зонда. Наличие таких мутаций способно привести к изменению температуры плавления зонда и к изменениям в графике кривой плавления [1]. Использование кривых плавления не требует от оператора амплификатора никаких дополнительных манипуляций с пробирками, а интерпретация полученных данных автоматизирована и формализована.

Подводя итоги стоит отметить следующее: использование ДНК-зондов в том или ином варианте является наиболее предпочтительным в свете повышения специфичности анализа. Однако к недостаткам зондов относится высокая стоимость, что делает работу по подбору зондов, праймеров и условий амплификации дорогостоящей. Вместе с тем, использование интеркалирующих агентов является очень простым и дешевым. Отпадает необходимость подбора специальных праймеров, зондов, так как можно пользоваться уже используемыми праймерами, эффективность работы которых уже проверена. Эти обстоятельства делают применение интеркалирующих агентов весьма привлекательным.

Некоторые разновидности ПЦР
1. «Вложенная» ПЦР (Nested PCR) - есть вторая пара праймеров, которая амплифицирует кусочек полученного кусочка.
2. «Инвертированная» ПЦР (Inverse PCR) - перед проведением ПЦР с помощью серии ферментативных реакций как бы приклеивают известные фрагменты на концы неизвестного, чтобы можно было его амплифицировать.
3. ПЦР с обратной транскрипцией (Reverse Transcription PCR, RT-PCR) - берется РНК (молекула, которая является промежуточным этапом между ДНК и белками в живой клетке), а из нее с помощью фермента обратной транскриптазы получают ДНК, с которой уже проводят ПЦР. Это удобно, например, для того, чтобы выявить, какие именно гены в данной клетке экспрессируются.
4. Ассиметричная ПЦР (Assymetric PCR) - если нужны продукты амплификации преимущественно одной из двух цепей ДНК. Добавляют неравное количество праймеров.
5. Количественная ПЦР в реальном времени (Quantitative real-time PCR) - используются флуоресцентно меченые реагенты, и специальный прибор рассматривает пробирку, в которой идет реакция, и сообщает: " готово столько-то продукта! а теперь уже вдвое больше! "
6. ПЦР длинных фрагментов (Long-range PCR) - чтобы амплифицировать длинный (больше 10 тысяч пар оснований) фрагмент, используют ПЦР с двумя полимеразами: одна из них, Taq-полимераза, может синтезировать длинную цепь, а вторая, ДНК-полимераза с 3'5'-экзонуклеазной активностью, может исправить ошибки, допущенные первой.
7. Multiplex PCR - добавляют несколько пар праймеров и одновременно амплифицируют несколько фрагментов.

Боксы для стерильных работ

Системы автоматического выделения и очистки нуклеиновых кислот

Случается, что результаты ПЦР и ИФА-диагностики могут не совпадать. Обычно это происходит вследствие нескольких причин:

«Иммунологический след» — «след» от уже перенесенной инфекции. В ответ на внедрение инфекции организм начинает вырабатывать антитела, в частности, антитела класса IgG. Эти антитела «улавливает» ИФА-анализ. Метод ПЦР реагирует только на наличие молекул ДНК инфекции в организме. В такой ситуации ПЦР-анализ дает отрицательный результат, а ИФА — положительный. При чем в связи с индивидуальными особенностями иммунной системы положительный результат ИФА-диагностики, вызванный повышенным содержанием антител, может сохраняться несколько месяцев и даже лет после полного выздоровления.

Разница в оборудовании для проведения диагностики. Получение положительного результата ИФА и ПЦР — отрицательного, может быть вызвано использованием особых тест-систем в ИФА-анализе, которые выявляют все виды бактерий, в том числе те, которые в определенном количеств в норме содержатся в организме человека. Тест-система, используемая в ПЦР-анализе, может быть основана только на определение особого вида болезнетворных бактерий. Например, тест-система для ИФА-диагностики настроена на выявление всех видов хламидий: С. Pneumonia, C. Pecorum, C. Psitaci. А в проведении ПЦР-анализа может быть использована тест-система, выявляющая только С. Trachomatis. Вот почему, ИФА-анализ на С. Pneumonia будет положительным, а ПЦР - отрицательным.

Разница в используемом материале. Материал для ПЦР получают из места предполагаемой локализации инфекции. Для ИФА-диагностики разницы в месте нет, поскольку ИФА «реагирует» на антитела, которые вырабатываются при инфекционном процессе любой локализации. Как результат — ПЦР-диагностика дает отрицательный, а ИФА - положительный результат. Например, хламидии могут локализироваться в разных местах организма. Вызвав хронический сальпингит, проведенный в области шейки матки анализ ПЦР хламидии не обнаружит. Но ИФА-диагностика все равно выявит выработку антител, сопровождающую инфекционный процесс.

Хронические инфекционные заболевания могут стать причиной разницы в результатах ИФА и ПЦР-диагностики. При этом зачастую ПЦР дает положительный, а ИФА — отрицательный результат. Уставшая от хронического инфекционного процесса иммунная система может «не показать» повышенный уровень антител к инфекции. Подобное может наблюдать врач-лаборант в том случае, если инфекция «свежая», т. е. даже при наличии определенных симптомов уровень антител класса IgG в крови не превысит норму, поскольку они еще не начали вырабатываться. Для половых инфекций подобный период «молчания» ИФА-диагностики может достигать двух недель.

Электрофорез

Электрофорез в агарозном геле
Электрофорез в полиакриламидном геле
Электрофорез в пульсирующем поле
Секвенировние методом электрофореза
Гель-электрофорез с температурным градиентом

Блоттинг

Dot-блоттинг
Fast-блоттинг (полусухой блоттинг)
Tank-блоттинг
The Convertible - системы для блоттинга
Вакуумный блоттинг

· Блоттинг – это стандартный метод для переноса молекул на поверхность мембраны. Кроме того, блоттинг – это промежуточный этап в процедурах секвенирования белков и элюции белков и нуклеиновых кислот для последующего анализа.

· Электро-блоттинг - важный метод переноса, главным образом, белков из полиакриламидных гелей на нитроцеллюлозные (или другие) мембраны. Tank-блоттинг происходит в вертикальных резервуарах, содержащих буферные растворы. На резервуары с двух сторон установлены платиновые электроды. При этой методике гель и мембрана зажаты в рамке между листами фильтровальной бумаги и пористыми пластинами. Обычно перенос происходит в течение 10-12 часов.

· Полусухой блоттинг проводится между двумя горизонтальными пластинами- электродами и позволяет провести перенос быстро и равномерно. В отличие от tank-блоттинга, при полусухом переносе используется небольшое количество буферного раствора, и процесс переноса происходит очень быстро, в течение нескольких минут. Кроме того, полусухой блоттинг может использоваться, для мягкого переноса белков с небольшим молекулярным весом и/или для эффективного переноса многокомпонентных смесей белков с широкой дисперсией молекулярных весов.

· Перенос нуклеиновых кислот традиционно проводился с помощью капиллярного блоттинга – процедуры, требующей много времени (до 12 часов). Поэтому, в настоящее время для этих целей вместо капиллярного блоттинга используется вакуумный блоттинг. При этом время процедуры сокращается до 15 - 60 минут.

· Dot- и Slot-блоттинги используются для концентрации и иммобилизации образцов (белков и нуклеиновых кислот) на мембранах с использованием вакуумного источника.

Гибридизация

Кросслинкеры для ДНК

Идентификация последовательностей ДНК методом гибридизации со специфическими образцами – это один из основных методов исследования в молекулярной биологии. В отличие от фиксации ДНК на нитроцеллюлозных фильтрах с помощью гибридизационных печей, при использовании кросслинкеров ДНК фиксируется на нейлоновых мембранах с помощью ультрафиолетового облучения. Поскольку большие дозы облучения приводят к разрушению молекул ДНК, точно рассчитанная доза облучения – это ключик к получению хороших результатов.

Шейкер-инкубатор

ИФА: фотометры (анализаторы)

Модель 680 Ридер

включает 4 фильтра: 415, 450, 490, 655 нм, встроенный инкубатор

12 3 Следующая ⇒