Использование интеркалирующих агентов.

Этот способ детекции основан на том факте, что флуоресценция бромистого этидия и SYBR Green I значительно возрастает при их внедрении в двухцепочечные молекулы ДНК [4]. Таким образом, можно наблюдать за накоплением продуктов амплификации.

Очень важно отметить то, что увеличение флуоресценции может быть связано как с накоплением специфического продукта, так и неспецифического (праймеры-димеры, шмер). Для получения корректных результатов необходимо дополнительное изучение полученных ампликонов с помощью построения так называемых " кривых плавления" (melting curves).

Кривые плавления

Для этого после окончания ПЦР реакционную смесь нагревают и непрерывно измеряют флуоресценцию. По достижении температуры плавления продукта амплификации флуоресценция резко снижается.

Каждое резкое уменьшение флуоресценции на графике соответствует числу полосок, получаемых на электрофорезе, то есть числу разных типов ампликонов. Для облегчения работы с полученной информацией проводят дифференциальный анализ кривой плавления. Такой способ визуализации полученных данных гораздо удобнее для понимания и анализа.

Применение кривых плавления не ограничивается только детекцией продуктов амплификации с помощью бромистого этидия и SYBR Green I. При использовании кривых плавления в системах с ДНК-зондами (Taq-man assay, beacons) возможно различать точечные мутации, расположенные внутри областей связывания ДНК-матрицы и зонда. Наличие таких мутаций способно привести к изменению температуры плавления зонда и к изменениям в графике кривой плавления [1]. Использование кривых плавления не требует от оператора амплификатора никаких дополнительных манипуляций с пробирками, а интерпретация полученных данных автоматизирована и формализована.

Подводя итоги стоит отметить следующее: использование ДНК-зондов в том или ином варианте является наиболее предпочтительным в свете повышения специфичности анализа. Однако к недостаткам зондов относится высокая стоимость, что делает работу по подбору зондов, праймеров и условий амплификации дорогостоящей. Вместе с тем, использование интеркалирующих агентов является очень простым и дешевым. Отпадает необходимость подбора специальных праймеров, зондов, так как можно пользоваться уже используемыми праймерами, эффективность работы которых уже проверена. Эти обстоятельства делают применение интеркалирующих агентов весьма привлекательным.

Некоторые разновидности ПЦР
1. «Вложенная» ПЦР (Nested PCR) - есть вторая пара праймеров, которая амплифицирует кусочек полученного кусочка.
2. «Инвертированная» ПЦР (Inverse PCR) - перед проведением ПЦР с помощью серии ферментативных реакций как бы приклеивают известные фрагменты на концы неизвестного, чтобы можно было его амплифицировать.
3. ПЦР с обратной транскрипцией (Reverse Transcription PCR, RT-PCR) - берется РНК (молекула, которая является промежуточным этапом между ДНК и белками в живой клетке), а из нее с помощью фермента обратной транскриптазы получают ДНК, с которой уже проводят ПЦР. Это удобно, например, для того, чтобы выявить, какие именно гены в данной клетке экспрессируются.
4. Ассиметричная ПЦР (Assymetric PCR) - если нужны продукты амплификации преимущественно одной из двух цепей ДНК. Добавляют неравное количество праймеров.
5. Количественная ПЦР в реальном времени (Quantitative real-time PCR) - используются флуоресцентно меченые реагенты, и специальный прибор рассматривает пробирку, в которой идет реакция, и сообщает: " готово столько-то продукта! а теперь уже вдвое больше! "
6. ПЦР длинных фрагментов (Long-range PCR) - чтобы амплифицировать длинный (больше 10 тысяч пар оснований) фрагмент, используют ПЦР с двумя полимеразами: одна из них, Taq-полимераза, может синтезировать длинную цепь, а вторая, ДНК-полимераза с 3'5'-экзонуклеазной активностью, может исправить ошибки, допущенные первой.
7. Multiplex PCR - добавляют несколько пар праймеров и одновременно амплифицируют несколько фрагментов.

Боксы для стерильных работ

 

 

Системы автоматического выделения и очистки нуклеиновых кислот

 

 

 

 

Случается, что результаты ПЦР и ИФА-диагностики могут не совпадать. Обычно это происходит вследствие нескольких причин:

«Иммунологический след» — «след» от уже перенесенной инфекции. В ответ на внедрение инфекции организм начинает вырабатывать антитела, в частности, антитела класса IgG. Эти антитела «улавливает» ИФА-анализ. Метод ПЦР реагирует только на наличие молекул ДНК инфекции в организме. В такой ситуации ПЦР-анализ дает отрицательный результат, а ИФА — положительный. При чем в связи с индивидуальными особенностями иммунной системы положительный результат ИФА-диагностики, вызванный повышенным содержанием антител, может сохраняться несколько месяцев и даже лет после полного выздоровления.

Разница в оборудовании для проведения диагностики. Получение положительного результата ИФА и ПЦР — отрицательного, может быть вызвано использованием особых тест-систем в ИФА-анализе, которые выявляют все виды бактерий, в том числе те, которые в определенном количеств в норме содержатся в организме человека. Тест-система, используемая в ПЦР-анализе, может быть основана только на определение особого вида болезнетворных бактерий. Например, тест-система для ИФА-диагностики настроена на выявление всех видов хламидий: С. Pneumonia, C. Pecorum, C. Psitaci. А в проведении ПЦР-анализа может быть использована тест-система, выявляющая только С. Trachomatis. Вот почему, ИФА-анализ на С. Pneumonia будет положительным, а ПЦР - отрицательным.

Разница в используемом материале. Материал для ПЦР получают из места предполагаемой локализации инфекции. Для ИФА-диагностики разницы в месте нет, поскольку ИФА «реагирует» на антитела, которые вырабатываются при инфекционном процессе любой локализации. Как результат — ПЦР-диагностика дает отрицательный, а ИФА - положительный результат. Например, хламидии могут локализироваться в разных местах организма. Вызвав хронический сальпингит, проведенный в области шейки матки анализ ПЦР хламидии не обнаружит. Но ИФА-диагностика все равно выявит выработку антител, сопровождающую инфекционный процесс.

Хронические инфекционные заболевания могут стать причиной разницы в результатах ИФА и ПЦР-диагностики. При этом зачастую ПЦР дает положительный, а ИФА — отрицательный результат. Уставшая от хронического инфекционного процесса иммунная система может «не показать» повышенный уровень антител к инфекции. Подобное может наблюдать врач-лаборант в том случае, если инфекция «свежая», т. е. даже при наличии определенных симптомов уровень антител класса IgG в крови не превысит норму, поскольку они еще не начали вырабатываться. Для половых инфекций подобный период «молчания» ИФА-диагностики может достигать двух недель.

 

Электрофорез

⇐ Предыдущая123

Поделиться:

Популярное:

1. III. Вид работы: «Использование информационной базы данных»
2. V. Использование психодиагностических методик
3. Аварийные радиобуи EPIRB, SART. Назначение, использование, эксплуатационные проверки.
4. Активное использование речевых средств и средств информационно- коммуникационных технологий (далее – ИКТ) для решения коммуникативных и познавательных задач.
5. Анализ рентабельности собственного капитала. Использование модели Дюпона в финансовом управлении.
6. Анализ товарооборота, его использование для характеристики показателей деятельности
7. Ассортимент полуфабрикатов и их использование
8. Базы данных. Использование ЭВМ для хранения неструктурированной (текстовой) информации. Информационно-поисковые системы.
9. Беседа с использованием проективных заданий («Зазеркалье») (адаптированная методика Е.И.Изотовой).
10. Взгляды и мнения на использование фотомонтажа в фотожурналистике.
11. ГЛАВА 5. ИСПОЛЬЗОВАНИЕ ИНТЕРНЕТА В ТУРИСТСКОМ БИЗНЕСЕ
12. Государственный контроль за использованием и воспроизводством лесных ресурсов.